Los casos de pederastia por parte de sacerdotes católicos en México han sido denunciados desde hace décadas, aunque han sido pocos los que han llegado a ser confirmados.

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En el 2002 la Iglesia fue acusada de cubrir los casos de abuso e incluso de pagar dinero para comprar el silencio de las víctimas.

El caso más emblemático es el de Marcial Maciel, fundador de la Legión de Cristo. El cura murió en 2008 entre acusaciones de abuso sexual contra varios seminaristas y niños y la exigencia por parte de las víctimas de que pidiera perdón.

Uno de los que denunciaron a Maciel fue el ex rector de la Universidad Anáhuac, Juan Manuel Fernández Amenábar, cuyo caso fue dado a conocer por Alberto Athié Gallo.

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En 2010, la Red de Sobrevivientes de Abuso Sexual por Sacerdotes (SNAP, por sus siglas en inglés) dio a conocer una lista de 65 sacerdotes acusados en Estados Unidos de abuso sexual.

SNAP además presentó acusaciones contra Norberto Rivera Carrera, quien fuera arzobispo de México, al que acusan de haberse coludido con Roger Mahony para proteger a varios de estos sacerdotes, pero particularmente en el caso de Nicolás Aguilar Rivera, procesado en Tehuacán (Puebla) por abuso sexual contra por lo menos sesenta niños.

En 2012, Manuel Ramírez García sacerdote de San Pedro, Nuevo León, fue acusado por 13 niños de abusar sexualmente de ellos. Los niños eran estudiantes de 5º grado de primaria en el "Colegio de Guadalupe", según sus propias declaraciones el sacerdote los tocó.

La Procuraduría General de Justicia de San Luis Potosí informó en 2015 que seis sacerdotes acusados de pederastia se encuentran prófugos de la justicia, encabezada por el padre Eduardo Córdova Bautista, quien enfrenta una denuncia por abuso sexual en contra de 19 menores de edad. En esa ocasión señaló que existen seis órdenes de aprehensión, giradas por jueces penales, en contra de igual número de clérigos acusados de abuso sexual.

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Dos casos más de este tipo son los de Francisco Javier Castillo, párroco del templo del Sagrado Corazón del municipio de Santa María del Río, y Noé Trujillo, párroco del templo de Nuestra Señora de la Soledad. Las agencias especializadas en delitos sexuales integraron en su contra expedientes por abuso sexual agravado y violación, en los que dos niños tienen la calidad de víctimas.

Sobre sacerdotes procesados en San Luis Potosí, en el penal de la Pila hay dos curas recluidos y sujetos a proceso penal por delitos sexuales. El primero es Guillermo Gil Torres, ex párroco del Templo Santa Rosa de Lima, del municipio de Soledad de Graciano Sánchez, a quien se le procesó por el delito de abuso sexual calificado en contra de un niño en la casa parroquial, al que presuntamente le mostraba fotografías en las que aparecía desnudo y lo ultrajaba. El otro cura es José de Jesús Cruz, ex párroco del templo de Nuestra Señora de Fátima, acusado de abusosexual, en perjuicio de un joven.

El 24 de febrero de 2017 Gerardo Silvestre Hernández, sacerdote de la Arquidiócesis de Oaxaca, fue sentenciado a 16 años de prisión por el delito de corrupción de menores en su modalidad de inducción a actos sexuales y exposición de filmes pornográficos, tras quedar comprobado que abusó de varios menores entre 2009 y 2010; asimismo, se le impuso una multa de 46 mil 179 pesos como reparación de daños en el caso. En 2013 Gerardo Silvestre fue detenido y desde entonces se encuentra recluido en el penal de Tlaxiaco, en la región Mixteca.